Søfartsmuseet råder i dag over et mindre antal fartøjer, hvoraf nogle står på land ved museet, mens andre ligger i vandet ved Eriksens Slæbested (Eriksens Plads) i sommerhalvåret.
Flagskibet er ANNE KAROLINE , en drivkvase bygget til fiskeri i 1900. Denne type fartøjer var tidligere ret almindelig i Det Sydfynske Øhav, her drev de fiskeri på lavvandede områder. Oprindeligt havde ANNE KAROLINE kun sejl, men har senere fået installeret motor. ANNE KAROLINE blev renoveret i 2001 og fik ny rigning og sejl i 2007.
Drivkvasen Anne Karolines historie.
Drivkvasen Anne Karoline
Slæbejollen INGE-LISE og frandsenjollen GROLLEN er også begge istandsatte og sejlende. GROLLEN er bygget af bådebygger Frandsen i Marstal i 1971 og givet som gave til museet i 2013. Jollerne ligger til dagligt sammen med ANNE KAROLINE og en pram i Eriksens Slæbested, lige neden for museets hovedbygning.
I værftshallen ligger på tiden tresmakken MADS ILLUM, en smakke bygget i vinteren 1985 - 1986 og overdraget til museet som gave i 2016. MADS ILLUM har fået en større overhaling i 2016/2017 og er nu i vandet.
En hækjolle bygget af vores lokale bådebygger Ebbe Andersen ligger i værftshallen.
I museets gård ligger en norsk pram, en fladbundet pram samt en redningsjolle fra coasteren DORCA.
Museet er også medinteressent i coasteren, carolineren Samka, der har station i Marstal Havn.